Mystical Ninja Starring Goemon

Tarina seuraa Goemonia, joka pyrkii estämään Peach Mountain Shoguns -jengiä länsimaalaistamasta Japania hienotaiteen teatteriksi. Juoni sisältää kolme elokuvamaista musiikkinumeroa ja taisteluita jättiläisrobottien kanssa; muiden Ganbare Goemon -pelien tapaan mukana on runsaasti surrealistista huumoria ja ajallisia ristiriitaisuuksia.

Mystical Ninja Starring Goemonin päähenkilö on Goemon, tulisieluinen kiseru-piipulla varustettu ninja, jolla on siniset pörröiset hiukset ja jonka esikuvana on löyhästi legendaarinen rosvo Ishikawa Goemon. Oedon herra pyytää häntä selvittämään, ketkä ovat vahingoittaneet Oedon linnaa. Goemon asuu Oedo Townissa ja on ystävä Ebisumarun kanssa, oudon ja mässäilevän lihavan miehen, joka käyttää sinistä bandanaa. Ebisumaru kuvataan laiskaksi ja irstaaksi. Heidän kunai-aseita heittelevä ystävänsä Sasuke on mekaaninen ninja (Igan Viisaan Miehen rakentama), joka pitää kuumista kylvyistä ja japanilaisesta teestä. Sankarijoukon täydentää Yae, kiivas miekkaa heiluttava kunoichi, joka törmää Goemonin joukkoon Zazen Townissa. Pelin pahiksia edustaa Peach Mountain Shoguns -järjestö, johon kuuluu neljän "kummajaisen" jengi Spring Breeze Dancinin (Danshin Harukaze) ja Kitty Lilyn (Margaret Ranko) johdolla. He aikovat muuttaa Japanin näyttämöksi omalle taiteelleen.